案件处理分为立案侦查、审查起诉、审判三个阶段。侦查阶段发现证据不足,应当撤销案件。审查起诉阶段发现证据不足,人民检察院可以做出不起诉决定,也可以将案件发回要求补充侦查。审判过程中发现证据不足,人民法院发现证据不足不符合起诉条件,可以撤回起诉,对于认定需要补充侦查的,应退回公安机关要求补充侦查。
《刑事诉讼法》第一百六十一条,在侦查过程中,发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的,应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的,应当立即释放,发给释放证明,并且通知原批准逮捕的人民检察院。《刑事诉讼法》第一百七十一条,对于二次补充侦查的案件,人民检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,应当作出不起诉的决定。《刑事诉讼法》第一百七十三条,犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十五条规定的情形之一的,人民检察院应当作出不起诉决定。《刑事诉讼法》第一百七十四条,不起诉的决定,应当公开宣布,并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押,应当立即释放。